Jika sunat pada laki-laki berdampak positif dan membuat kebersihan di sekitar penis jauh lebih terjaga, menurut WHO, sunat perempuan dapat berdampak buruk bagi kesehatan. Dampak jangka pendek yang bisa timbul antara lain perdarahan dan sakit kepala luar biasa yang dapat mengakibatkan shock atau kematian, infeksi pada seluruh organ panggul, tetanus dan gangrene yang dapat menyebabkan kematian, serta kesulitan atau sakit saat buang air karena adanya pembengkakan dan sumbatan pada saluran urine.
Sedangkan dampak jangka panjangnya yaitu rasa sakit berkepanjangan saat berhubungan seks, penis tidak dapat masuk ke dalam vagina sehingga perlu dioperasi, kista, keloid pada bekas sunat, disfungsi seksual (tidak dapat mencapai orgasme saat berhubungan seks), disfungsi haid yang mengakibatkan hematocolpos (akumulasi darah haid dalam vagina), hematometra (akumulasi darah haid dalam rahim), dan hematosalpinx (akumulasi darah haid dalam saluran tuba). (f)
